Es entre los ateneos más antiguos de Europa por fundación: Galeazzo II Visconti ha promovido su abertura en el 1361 activando los estudios de derecho, medicina y artes liberales. Desde entonces la Universidad conoció muchas transformaciones hasta a asumir la instalación y las formas arquitectónicas actuales, gracias a la intervención del gobierno austríaco. En época habsbúrgica, de hecho, la institución fue reformada en las enseñanzas y los edificios fueron reestructurados en estilo neoclásico y ampliados por los arquitectos Piermarini y Pollack con nuevas aulas: entre ellas la Biblioteca dicha "Teresiana", el Teatro Anatómico de Antonio Scarpa y el Teatro de Física, donde Alessandro Volta presentó la invención de la pila a Napoleón. En el Novecientos la Universidad también ha ocupado la estructura del colindante Hospital San Matteo, arquitectura renacentista de instalación cruciforme junto a patios con decoraciones en cotto.