Uno dei più antichi in Italia, si estende per un totale di un ettaro e mezzo comprese le serre, costruite in periodi diversi. Al suo interno si possono apprezzare le collezioni di piante provenienti da tutti i paesi del mondo.

Si suddivide in zone dedicate alle rose, alle gimnosperme e alle angiosperme, poi si passa all’area delle serre: la serra Briosi della piante mediterranee e utilitarie, la serra Tomaselli delle piante tropicali e le storiche Serre di Scopoli, con Cycadidae e succulente (piante grasse).

Sul lato nord si trova l’Arboreto, che ospita diverse collinette tematiche, il Vigneto proibito e un maestoso esemplare secolare di platano ibrido (alto 45 m), seminato nel lontano 1778 da Giovanni Antonio Scopoli (uno dei più grandi naturalisti del Diciottesimo secolo e direttore all'epoca dell'Orto Botanico di Pavia) in commemorazione della morte del famoso naturalista svedese Carlo Linneo.

All'estremità nord dell'Orto è possibile vedere, nella Vasca delle rane, un esemplare di cipresso calvo di origini americane.