La chiesa di San Francesco (detta anche di San Francesco Grande), che – iniziata attorno al 1230 – risulta pressoché ultimata nel 1298, venne costruita come sede di un convento francescano. Nonostante gli interventi di ridecorazione subiti in epoca barocca e i pesanti restauri dei secoli XIX e XX, l’edificio conserva ancora la sua struttura gotica, tipica degli insediamenti francescani. Presenta, infatti, un impianto a croce latina a tre navate con una netta distinzione tra la zona presbiteriale, destinata all’officiatura e coperta da volte a crociera costolonate sostenute da pilastri a fascio, e il corpo delle navate, riservato ai fedeli, coperto da capriate lignee a vista e scandito da pilastri cilindrici. La facciata, tripartita in modo da preannunciare la divisione interna in tre navate, è giocata su una vivace bicromia, data dall’accostamento del cotto e della pietra bianca, ed è caratterizzata da un profilo leggermente a salienti coronato da cinque pinnacoli. Al centro si aprono un portale gemino – insolito, ma in uso presso gli ordini mendicanti – nella parte inferiore e una grande trifora al centro di quella superiore.

All’interno, arricchito da splendidi dipinti, si conservano alcuni degli arredi sacri della sconsacrata chiesa di San Marco (o San Francesco da Paola) e si trova la cappella dell’Immacolata Concezione, realizzata a partire dal 1711 su progetto di Giovanni Ruggeri e ultimata in seguito da Antonio Longone e Luigi Malaspina. L’adiacente convento dei francescani, attualmente sede del Collegio Cairoli, venne ricostruito nel ’700 su progetto di Giovanni Ruggeri e fu poi portato a termine da Leopoldo Pollach