El instituto botánico surge sobre la antigua área del convento de Sant'Epifanio cuyo es conservado todavía el claustro. Fue arreglado en el 1773 con el gobierno austríaco por los botánicos Brusati y Borsieri; sobre proyecto del arquitecto Piermarini fueron realizadas invernaderos de madera, en fin reemplazadas con las en hierro y vidrio. Gran impulso a la búsqueda fue dado por Giovanni Antonio Scopoli (1777) que incrementó los ejemplares botánicos del jardín de Pavía, haciéndolo un centro de estudio y experimentación en la vanguardia de Europa.