Das botanische Institut der Universität Pavia steht auf dem alten Gelände des Klosters Sant'Epifanio, von dem heute noch der Kreuzgang erhalten ist. Der Garten wurde 1773 unter österreichischer Herrschaft von den Botanikern Brusati und Borsieri angelegt. Nach dem Plan des Architekten Piermarini wurden Gewächshäuser aus Holz errichtet, die später durch Häuser aus Eisen und Glas ersetzt wurden. Einen starken Antrieb für die Forschung gab Giovanni Antonio Scopoli (1777), der die Zahl der Arten im Botanischen Garten von Pavia vergrößerte und ihn damit zu einem führenden experimentellen Forschungszentrum in Europa machte.